丁军长一行人搭乘专列逐渐接近新五十三军控制范围，细心谨慎的刘景怡却劝丁军长改走山路，原来河野渡早已决定在丁军长抵达新五十三军辖区之前炸掉火车。
同时，梁飞与陈彩霞乔装改扮，设计擒住了前往田家卫军部谈判的三十三军军长夫人马太太，并与成功避开了危险的丁军长与刘景怡一行人顺利会合。在对束手就擒的马太太进行了讯问后，梁飞对大家和盘托出了青衣行动的计划。日军方面，窦小凡屡次请求前去支援河野渡，可是担心自己老师功劳被抢的情报处长川井对此置若罔闻。
与此同时，邢广义在重庆又截获了神秘电台的秘密电报，担心青衣行动泄密的董鹏立刻通知丁军长希望终止行动，但是陈彩霞，刘景怡与梁飞扮成的马太太一行人却已经展开了行动。扮成侍卫的梁飞被挡在了军部之外，无奈只能让刘景怡与陈彩霞去见田家卫。一番斗智之后，准备对田家卫动手的刘景怡与陈彩霞身后，突然出现了河野渡的身影…
第27集身陷河野渡陷阱的刘景怡与陈彩霞在一番恶战后失手被擒，侥幸逃脱的梁飞只身赶回驻地与丁军长商议如何援救两人。
再次被自己内部泄密导致行动失败的董鹏恼羞成怒，吩咐胡克展开彻查誓要揪出内奸。没能抓到梁飞的河野渡知道梁飞必然会卷土重来进行营救，决定在戏院开堂唱戏假装庆祝，并用刘景怡与陈彩霞做诱饵来引梁飞上钩。心急如焚的梁飞不顾凯文的劝阻，单枪匹马杀入戏院，却发现正中河野渡的圈套。顺利抓住了梁飞的消息让情报处长川井喜出望外，采纳了窦小凡建议的他下令尽快处决梁飞。在将梁飞押送刑场的途中，河野渡与田家卫惊慌地发现自己进入了丁玉山军长的包围圈。
原来梁飞早已将计就计用自身被擒来为丁军长的伏击做准备，顺利救出陈彩霞的梁飞却遍寻不到刘景怡的身影，却被特战局的韩东辉开了黑枪。混乱交战中，梁飞发现了企图逃跑的河野渡，一番追逐后，急于讯问刘景怡下落的梁飞将河野渡逼入了死胡同，却发现迎接他的是河野渡冰冷的武士刀锋。丁军长与田家卫，梁飞与河野渡，一场困兽之斗一触即发…
第28集得胜归来的梁飞在帮丁军长顺利接管了新五十三军后，开始发疯似的寻找着刘景怡的下落，在将新五十三军军部翻了个底儿朝天之后，凯文与黑子从被擒住的日本间谍那里得到了消息。
原来刘景怡在行动中为了保护陈彩霞受了重伤，已经被河野渡秘密押往济南日军军部。梁飞与黑子决定立刻动身回济南展开营救。得知了河野渡殉国消息的窦小凡与川井悲愤不已，决定用刘景怡作为诱饵，在济南守株待兔，希望能够一举除掉梁飞。
重庆方面，急于铲除内奸的董鹏在得知了梁飞被开黑枪的事情后对韩东辉展开了调查，却惊喜的发现韩东辉曾经是总与自己针锋相对的政敌邢广义的学生。得知了梁飞前去营救刘景怡消息的丁潇潇急切的想要帮助梁飞，但是自己舅舅董鹏的冷漠态度却让她大失所望。回到济南的梁飞与黑子发现日军大肆宣传刘景怡被擒以及变节的消息。在让黑子回武工队找石队长增援后，梁飞决定前往重兵看守刘景怡的中心医院一探究竟…
第29集一番精心乔装改扮的梁飞潜入了中心医院，却发现川井与窦小凡早已在这里布下了天罗地网，而刘景怡却不在这里。躲开了追捕的梁飞找到了金队长，在他与石队长带领的武工队的协助下展开了明察暗访，对于一个与日本人合作名叫刘南山的名医开设的私人医院产生了怀疑。重庆方面，屡次恳求董鹏援助梁飞的丁潇潇眼看无望，竟孤身一人前往济南希望帮助梁飞。
担心侄女安危的董鹏急忙命令胡克派出凯文与陈彩霞前往济南寻找潇潇。待潇潇如自己妹妹的邢亚萍也辞别父亲出发寻找潇潇。
没能抓住梁飞的窦小凡将刘景怡关押在一个秘密医院，并派了特务严加看管。同时，神秘电台再次出现通报了日军情报处关于丁潇潇来到了济南的消息，为了达到在战场上要挟丁玉山的目的，窦小凡的魔爪慢慢地伸向了这位名将之女…
第30集来到济南的丁潇潇找不到梁飞，却以初生牛犊不怕虎的气势与金队长不打不相识。随后，顺利找到了梁飞的邢亚萍与武工队一起展开了对潇潇的搜寻，与她同时抵达济南的凯文与陈彩霞也动用了特战局的全部人力寻觅丁潇潇的下落。
料定了丁潇潇大小姐习性的梁飞来到了济南最好的大和旅馆寻找她的下落，却意外的发现旅馆早已乱成了一锅粥，内外也都被日本兵围的水泄不通，更令他奇怪的是连窦小凡也出现在了这里。原来不知天高地厚的丁潇潇误打误撞地偷了下榻旅馆的日本内阁议员武田信的一份秘密文件。怒不可遏的武田信命令窦小凡动用日本兵和警察对旅馆展开了地毯式的搜查。
一时间，旅馆内鸡飞狗跳，而丁潇潇幸运地在金队长的协助下逃过了搜查，却还是被日本特务盯上，危急时刻，乔装混进旅馆的梁飞救下了丁潇潇，并与日军展开了激战，最后在邢亚萍与武工队的协助下成功带着丁潇潇逃脱。另一方面，被日军囚禁在病床上的刘景怡深知窦小凡利用自己做诱饵的意图，为了梁飞和自己心爱的战友们，她毅然决然地拔掉了维持自己生命的医疗设备…
第31集丢失了机密文件的武田信求助于山田司令，希望借由军部的力量找回这份最高机密，原来这份名为“座敷计划”的文件是日本官房内阁的最高机密，主要内容是要在中国抢夺三千个孩童运往日本以弥补侵略战争给日本国内带来的人力损失。
得知机密被梁飞得到的窦小凡对被救活的刘景怡更加严密的看管，可是机智的刘景怡却利用在窗台上摆花的方式告知了梁飞自己的位置。梁飞希望陈彩霞扮成女佣混入刘南山家取得工人通行证，无奈却被丁潇潇偷听到了计划，不愿意被梁飞遣送回重庆的丁潇潇决定证明自己，先于陈彩霞扮成女佣混入了刘南山家。梁飞被丁潇潇的擅自行动弄得大为光火，邢亚萍用她的冷静与理智劝服了梁飞，却不知道在重庆，胡克在董鹏的授意下已经开始了针对她父亲邢广义的阴谋。
混入刘南山家的丁潇潇出人意料地顺利窃取了通行证，一切营救刘景怡的条件似乎都已成熟，当晚，梁飞却出现在了窦小凡的住处…
第32集梁飞提出要在城外十三里坡用座敷计划文件交换刘景怡，窦小凡无奈只能同意，但是却在交换前对刘景怡下了毒。邢亚萍，石队长与黑子前往十三里坡进行交换，黑子却被刘景怡一枪打伤，原来窦小凡假扮刘景怡希望能够刺杀梁飞，一边混战中，察觉到梁飞不在的窦小凡与川井知道中了梁飞的调虎离山之计，急忙撤退赶往中心医院，却发现中心医院遭到炸弹袭击，原来凯文早已混成日兵在医院埋下炸药制造混乱，而梁飞更是已经乔装改扮混入秘密医院找到了刘景怡，并在刘南山与护士小周的协助下替刘景怡解了毒。
气急败坏的窦小凡也赶到了秘密医院，与前来接应的邢亚萍，陈彩霞，丁潇潇等人激烈交战，情急之下，梁飞带着大家逃进了附近的樱花会馆劫持日本人做人质，一路上碍手碍脚的丁潇潇却意外的在人质中发现了武田信。由于武田信身份特殊，山田司令严令川井和窦小凡必须要保证他的安全，梁飞一行也因此得到了逃脱用的卡车。然而，一心除掉梁飞的窦小凡却违抗了命令,在车上安放了定时炸弹…
第33集由于凯文扮作日本兵在炸弹上动了手脚，安全撤回济南武工队驻地的梁飞，刘景怡等人决定暂时偃旗息鼓，休养生息。经过一系列的出生入死，梁飞认识到了自己对刘景怡的感情，对她呵护有加，然而刘景怡却因为日虏未除，山河破碎，无法接受梁飞的感情，两人相约要等到和平的那一天再续此缘。
然而，不服输的邢亚萍却对梁飞表示要留在武工队，却并不知道自己的父亲邢广义已经置身于一场政治阴谋当中。在重庆，国民党的内部斗争愈演愈烈，胡克借调查为由对邢广义步步紧逼，甚至将邢广义的秘书拷问致死，深知自己身处险境的邢广义也开始秘密准备对董鹏一派进行反击。日军方面，川井因为窦小凡违抗命令一事大为光火，却从山田司令得知，窦小凡居然是日本黑龙会的高级间谍，大名鼎鼎的栗原久美子。
另一方面，被俘虏的武田信在审讯中透露了日军即将在济南执行座敷计划，抢夺三百个中国孩童的行动方针，梁飞，刘景怡和石队长决定倾尽武工队全力，不惜一切代价来破坏和阻挠鬼子的行动。为了能够不分散精力，梁飞拜托邢亚萍，陈彩霞和凯文护送丁潇潇以及押解武田信回重庆，自己则留下来专心对付日本人。就在邢亚萍，凯文和陈彩霞一行人出发之际，重庆的秘密电台再次出现了…
第34集邢亚萍，陈彩霞，凯文和丁潇潇一行人押解着武田信秘密前往重庆，却在途中遭遇窦小凡带领的日军精英伏击，寡不敌众的特战局众人且战且退，凯文欲用武田信为人质勒令窦小凡退兵，却没想到窦小凡毫不犹豫地杀掉了武田信。
混战中，丁潇潇与邢亚萍走散，却被紧随其后的窦小凡抓住，由于敌我实力悬殊，凯文和陈彩霞只能强行带着想要拼命的邢亚萍撤退，失望的邢亚萍只能赶回济南向梁飞求救。得意的窦小凡想让丁潇潇给丁军长写信胁迫其退兵却遭到拒绝，同时丁军长也不为私情所动，对日军展开无情的攻击。恼羞成怒的窦小凡让手下侮辱了丁潇潇，并将她吊在城墙上，怒不可遏的梁飞与邢亚萍毫不犹豫地赶往营救，刘景怡，石队长和黑子带领武工队，凯文与陈彩霞带领着特战局战士也纷纷前往协助。
然而等待着他们的却是日本人冰冷的枪口，经过一番血战，伤痕累累的潇潇倒在了梁飞的臂弯之中，但是没有人知道潇潇是否感受到了梁飞那紧紧的拥抱。
第35集手捧女儿遗物的丁军长老泪纵横，欲将满腔悲愤化为怒火烧像日本人的他却没有料到，自己的妹夫董鹏针对自己的好友，特战局元老邢广义的内部斗争已经趋于白热化。在胡克的谗言教唆下，董鹏与邢广义撕破脸皮并在内斗中获胜，胡克奉命用毒酒毒杀被诬陷为邢广义，在已识破自己身份的邢广义面前，胡克大方地承认了自己的日本身份。
原来重庆的秘密电台也是他所为。杀死了邢广义的胡克准备斩草除根，命令凯文在济南除掉邢亚萍。可是迷恋邢亚萍已久的凯文却不愿动手。得知自己父亲被冤死的邢亚萍决意回重庆找董鹏与胡克报仇。回到重庆的邢亚萍被父亲的至交老友找到，原来邢广义早就料到自己将遭不测，将自己收集的关于董鹏贪赃枉法的证据文件留给了自己的女儿。
仍然执意报仇的邢亚萍刺杀董鹏不成，只好在陈彩霞的协助下带着董鹏的罪证前往济南投奔梁飞。然而此时的济南却因为窦小凡散布的关于瘟疫的消息人心惶惶，为了阻止日本人借口救治瘟疫来抢夺中国孩童，梁飞，刘景怡与石队长带领着武工队展开反制宣传，一场争夺国家未来的风暴在泉城上空悄无声息地开始酝酿。
第36集在梁飞和武工队的宣传攻势下，济南百姓对日军的瘟疫之说起了疑心。窦小凡迫于担心激起民变的山田司令的压力，只能将孩童还给家长们，但是其胸有成竹的态度却令山田司令与川井大为不解。
来到了济南的邢亚萍还没来得及找到梁飞，就被窦小凡发现了，原来胡克早已将邢亚萍的行踪透露给了窦小凡。然而窦小凡并无意取邢亚萍的性命，只是想要她手中关于董鹏的罪证，希望借机打击重庆方面，并承诺一定会除掉董鹏替邢广义复仇。
不为所动的邢亚萍摆脱了窦小凡后找到梁飞，却发现梁飞碍于国共合作而无法助她复仇。失望之极的邢亚萍离开了武工队，担心她安危的梁飞开始四处寻找。与此同时，奉命追杀邢亚萍的胡克带领着杀手们逐渐逼近了她的藏身之处…
第37集面对胡克等人的追杀，枪法过人的邢亚萍毫不畏惧，且战且退的她与杀手们展开巷战并杀的对方落花流水，但是寡不敌众的她还是渐渐被胡克逼进了绝路。
危急时刻，凯文出现与她并肩作战，几乎弹尽粮绝的胡克抵挡不住两人的攻势，逃进了死胡同，老奸巨猾的他用自己的风衣做诱饵，对邢亚萍打出了最后一发子弹，为了保护自己心爱的人，凯文用自己的身体替邢亚萍挡住了这一枪，死在了她的怀中。愤恨欲狂的邢亚萍一路追杀胡克欲替凯文报仇，却发现被引入了窦小凡的圈套之中，走投无路的她不顾刚刚赶到的梁飞的劝阻，同意将文件交给窦小凡以换取对董鹏的复仇。就在窦小凡放松警惕上前来收取文件的一刹那，邢亚萍掏出藏匿的手枪连开数枪将窦小凡打倒在地。自己也倒在了日本人的枪口之下。
然而穿了防弹衣的窦小凡却逃过一劫，并将文件交给胡克让他带回军部。眼见邢亚萍香消玉殒的梁飞怒不可遏，驾车追撞胡克，两人都受了重伤，欲取梁飞性命的胡克最终死在了及时赶到的陈彩霞的枪下，头部遭受重创的梁飞被刘景怡等人送到了刘南山的秘密医院进行抢救，经过一番努力，刘南山虽然保住了他的性命，却告诉了刘景怡等人梁飞可能永远昏迷的现实…
第38集昏迷不醒的梁飞被武工队秘密运回驻地养伤，刘景怡，陈彩霞，黑子，石队长用尽了一切办法，仍然无法唤醒沉睡的他。认为梁飞已死的窦小凡喜出望外，没有了心头大患的她开始不顾一切的进行座敷计划，甚至不惜毒杀个别孩童来达到宣传瘟疫，强行抢夺孩童的目的。
没有了梁飞的武工队在刘景怡和石队长的带领下打出了人人皆梁飞的旗号，浴血奋战与日本人抢夺孩子。然而面对来势汹汹的日军部队，以及窦小凡心狠手辣的狡诈策略，武工队还是无法阻止窦小凡慢慢集齐三百名孩童的计划。
无法找到窦小凡藏匿孩子地点的武工队束手无策，梁飞弟弟天成为了查清藏匿地点，留下字条后自己偷偷混入了三百名孩童中。却发现窦小凡为了防止孩子被抢，给他们全部注射了生化病毒…
第39集面对越来越不利的形势，武工队仍然使出浑身解数来一再延缓窦小凡的计划。在一片绝望的气氛中，昏迷的梁飞却梦见了自己的亲人，战友，心爱的人，以及宿命中的对手，为了完成未尽的事业，梁飞终于在最危难的时刻苏醒过来。刘景怡将邢亚萍的遗书交给了梁飞，原来，邢亚萍交给窦小凡的文件是假的，他只是希望利用机会替梁飞除掉窦小凡，即使牺牲自己的生命，只为了她心爱的人。
一片真情令梁飞唏嘘不已。机智的天成用自己偷偷带着的信鸽像武工队通报了孩子的藏匿地点以及被注射病毒的情况。碍于无法解毒的武工队投鼠忌器，无法进行营救。就在这时，与丁玉山鏖战已久的山田司令回到了济南，并下令窦小凡督导决战用的军火。得知消息的梁飞决定用袭击军火库的方法来声东击西，由于窦小凡的注意力都在座敷计划上，梁飞，黑子和陈彩霞带领部分武工队员轻松地占领了军火库，并与急忙赶来的窦小凡与川井打起了太极拳拖延时间。
与此同时，刘景怡与石队长攻入了日军医院抢到了治疗病毒的血清。由于军火关系到山田与丁军长决战的胜败，窦小凡不敢妄动，被梁飞当做人质一同离开了军火库。
第40集顺利逃离的梁飞狠狠地戏弄了窦小凡，就在窦小凡以为军火保住了的时候，运往前线的日军军火列车却被炸上了天，原来梁飞早已将定时炸弹混在了军火当中。遭此大败的情报处长川井剖腹自尽。无奈的窦小凡只能全力完成座敷计划。
料到窦小凡即将运送孩子去日本的梁飞通过放烟的方法制造了大量的雾气。埋伏在必经之路上的梁飞，刘景怡，陈彩霞，石队长与黑子带领着武工队员们趁着迷雾救出了所有的孩子，随后对窦小凡的车队发动了猛攻，混战中，石队长不幸牺牲，愤怒的黑子与陈彩霞将日军杀的落花流水，而梁飞与刘景怡则对逃跑的窦小凡展开追击。追上了窦小凡座车的两人发现窦小凡不见踪影，却有一个小女孩绑着定时炸弹坐在车里。
在梁飞忙于拆弹的时候，浑身绑着炸弹的窦小凡悄无声息地出现在两人身后，打伤并挟持了刘景怡。经过一番斗智斗勇，梁飞最终对窦小凡打出了致命的一枪，恶贯满盈的窦小凡不甘心失败，引爆了身上的炸弹希望与梁飞同归于尽，为了保护刘景怡，梁飞再次身负重伤被送往延安救治。数月后一个神秘的特派员出现在了已经是济南武工队政委的刘景怡面前…(大结局)
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